På slutten av Shadow the Hedgehog blir Black Doom beseiret og kastet inn i Black Comet, som deretter blir ødelagt. Imidlertid blir det senere avslørt at Black Doom overlevde og planlegger nå hevn mot Shadow og resten av verden.
I oppfølgerspillet, Sonic the Hedgehog (2006), kommer Black Doom tilbake som hovedantagonisten. Han leder en invasjon av den menneskelige verden og prøver å bruke Chaos Emeralds til å drive et våpen kalt Eclipse Cannon. Shadow og vennene hans klarer å stoppe Black Doom og ødelegge Eclipse Cannon, men Black Doom selv slipper unna.
Black Dooms endelige skjebne er ukjent, men det er sannsynlig at han ble drept da den svarte kometen ble ødelagt. Imidlertid kunne han også ha overlevd og kunne potensielt komme tilbake i en fremtidig kamp.