Nøkkelhjort står overfor flere trusler:
- Habitatforstyrrelse: menneskelig utbygging reduserer rom for mat og skjul.
- Rovdyre: rødlynks, coyote, alligatorer og slanger preder på dem.
- Overbefolkning: konkurranse om ressurser og økt sårbarhet for sykdom.
- Jakt: ulovlig jakt skjer fortsatt til tross for beskyttelse.
- Naturkatastrofer: orkaner ødelegger habitat og etterlater hjort sårbar for sult og sykdom.