Ja, hammerhaier har ryggstreng. Alle haier er ryggdyr (vertebrater), noe som betyr at de har en ryggstreng laget av brusk. Hammerhaiens ryggstreng består av en serie vertebrer som er forbundet av ligamenter og muskler. Disse vertebrer gir haien støtte og tillater den å bevege kroppen. Hammerhaien har også en kranie, som er laget av brusk. Kraniet beskytter hjernevasken og andre organer.