Koyoter er toppredatorer med svært få naturlige fiender, men visse dyr kan rovdyte på dem, spesielt unge eller svekket individer:
Rovdyre for koyoter
- Større hundedyr: Ulver kan rovdyte på koyoter der deres utbredelsesområder overlapper.
- Bjørner: Svartbjørner og grizzlybjørner kan drepe og spise koyoter, spesielt unger.
- Pumaer (fjelløver): Kan rovdyte på koyoter i overlappende territorier.
- Store rovfugler: Kongeørn og stor hornugle kan ta unge eller svekket koyoter.
- Andre koyoter: Koyoter dreper og spiser av og til hverandre under matsvinn eller territoriale strider.
Andre faktorer som påvirker koyotebestander
Oftere påvirkes koyoter av menneskelig aktivitet (habitattap, bilkollisjoner, jakt), sykdom (parvovirus, rabies, hundepest), og konkurranse med rødrev, rødfekser og husdyr.
Til tross for å ha rovdyre, er koyoter svært tilpasningsevne og robuste, og trives i ulike miljøer og i nærvær av mennesker.