Kojotter er bemerkelsesverdige tilpasningsevne og vellykkede rovdyre, men de har et antal fiender, både naturlige og menneskeskapte:
Naturlige rovdyre:
* Større hunder: Ulver, spesielt i områder der de overlapper, kan jekte på kojotter, spesielt unge eller svekke individer.
* Bjørner: Selv om de ikke er direkte rovdyre, kan bjørner konkurere med kojotter om mat og drepe dem av og til.
* Fjellløver: I områder der deres arealer overlapper, kan fjellløver jekte på kojotter, spesielt unge eller ensomme individer.
* Rødlynx: Rødlynx er mindre enn kojotter, men de kan konkurere med dem om mat og noen ganger jekte på unge kojotter.
* Store rovfugler: Kongeørn og stor hornugle kan av og til jekte på kojotter, spesielt unge.
Menneskeskapte trusler:
* Jakt og felling: Kojotter blir jaktet og fanget i mange områder, spesielt for bestandsregulering eller for å beskytte husdyr.
* Bilkollisjoner: Kojotter blir ofte drept av biler, spesielt i by- og forstadsområder.
* Sykdommer: Kojotter er utsatte for sykdommer som hundegale, staupe, og rogna, som kan påvirke deres overlevelse.
* Habitattap: Ettersom mennesker fortsetter å utvikle land, blir kojottehabitat fragmentert og ødelagt, noe som gjør det vanskeligere for dem å trives.
Konkurranse om mat:
* Andre rovdyre: Kojotter konkurere med andre rovdyre, som rever, rødlynx, og til og med tamme hunder, om matressurser.
* Mennesker: Mennesker kan også være en kilde til konkurranse for kojotter, spesielt i områder der kojotter har tilpasset seg å søke i menneskeavfall.
Samlet sett, selv om kojotter er svært tilpasningsevne og vellykkede rovdyre, står de overfor et antal trusler fra både naturlige og menneskeskapte kilder.