Congorees ble først møtt av europeere på 1500 -tallet. I 1562 besøkte den spanske oppdageren Juan Pardo deres landsby, som han beskrev som å være lokalisert på en høy bløff med utsikt over elven. Congorees var vennlige mot spanskene, og ga dem mat og forsyninger.
På begynnelsen av 1600 -tallet ble Congorees angrepet av Iroquois, som forsøkte å utvide sitt territorium. Congorees ble tvunget til å forlate landsbyen og bevege seg lenger sør. I 1670 slo de seg ned på Santee -elven, hvor de bodde de neste 50 årene.
I 1715 ble Congorees igjen angrepet av Iroquois, som var alliert med britene. Congorees ble beseiret og landsbyen deres ble ødelagt. De overlevende flyktet til Waxhaws, som var en Catawba -undergruppe som bodde i Nord -Carolina.
Congorees assimilerte etter hvert seg inn i Catawba -stammen, og deres språk og kultur gikk tapt. Navnet deres huskes imidlertid fortsatt i navnene flere steder i South Carolina, inkludert Congaree nasjonalpark og Congaree River.