Lacandon-skogen er hjemsted for en rik dyreflora, inkludert:
Pattedyr: Jaguare, pumaer, ocelotter, margayer, jaguarundier, ni-båndet bæltedyer, hvitlippet peccari, kragepeccari, meksikanske spindelaber, brølaaber, og kapusinaber.
Fugler: Skarlagensmakaw, storhokkofugl, kilebletukan, smaragdtukanet, rosestrubbet tangara, blå-gull tangara, rødbrystet vresanger, nordlig jakana, båtnebbet hegre, og storhegre.
Reptiler: Grønne iguanaer, pigghalede iguanaer, amerikanske krokodiller, Morelets krokodiller, rød-fotet skilpadder, brune basilisker, meksikanske perleskrype, skarlagen slanger, og fer-de-lance huggormer.
Amfibier: Rødtøydet treffrosk, Smilisca baudinii, meksikanske grønnfrosker, bromelietreffrosker, Maya-bekkfrosker, og oksefrosker.