Uakari-apen er truet primært på grunn av skogaverking i Amazon-regnskogen fra hogst, jordbruk, beitebruk, gruvedrift og bosettingsutvidelse. Livsmiljøtap fragmenterer og isulerer bestander, og reduserer genetisk mangfold. Dei blir òg jaga for mat og eksotisk kjæledyrhandel på grunn av sitt distintive røde eller oransje pels. Klimaendringer endrar nedbør og vegetasjon, og påverkar matkjelder. Andre trusler inkluderer sykdom, livsmiljøfragmentering fra veiar, og forurensning fra gruvedrift og jordbruk.