Hypohippus utryddet sannsynligvis på grunn av konkurranse og klimaendringer. Nyere planteetere som hjort og antiloper var bedre tilpasset de oppkommende gressmarkene, og konkurrerte ut Hypohippus om mat. Da skoger vokste over til åpne gressmarker, ble de skogtilpassede tennene og hovene til Hypohippus mindre fordelsomme, noe som bidro til dets nedgang.