En annen teori er at mastodonene døde ut på grunn av klimaendringer. Klimaet i Nord -Amerika endret seg flere ganger under Pleistocene -epoken, og mastodonene kan ha vært ikke i stand til å tilpasse seg de skiftende forholdene. Klimaet ble varmere og tørrere, og skogene som mastodonene bodde i begynte å forsvinne. Dette kan ha gjort det vanskelig for Mastodons å finne mat og husly.
Det er også mulig at en kombinasjon av faktorer, som jakt fra mennesker og klimaendringer, førte til utryddelsen av mastodonene. Mastodonene var store, sakte bevegelige dyr, og de kan ha vært lett bytte for mennesker. Det skiftende klimaet kan ha gjort det enda vanskeligere for mastodonene å overleve. Uansett årsak ble mastodonene utdødd for rundt 10.000 år siden.