Det vitenskapelige navnet på nebbdyret er Ornithorhynchus anatinus. Slektsnavnet, Ornithorhynchus, er avledet fra de greske ordene ὀρνις (ornis), som betyr "fugl", og ῥύγχος (rhynchos), som betyr "nebb", med henvisning til nebbens unike andelignende nebb. Artsnavnet, anatinus, er avledet fra det latinske ordet anas, som betyr "and", igjen og refererer til nebbdyrets likhet med en and.
Derfor er nebbdyret klassifisert som et medlem av familien Ornithorhynchidae basert på dets vitenskapelige navn. Familien Ornithorhynchidae regnes også som den eneste eksisterende familien i pattedyrordenen Monotremata, noe som gjør platypus monotreme sammen med langnebb echidna (Zaglossus) og kortnebb echidna (Tachyglossus).