Nebbdyr er klassifisert som følger:
Rike: Animalia (Dyr)
Stamme: Chordata (Strengdyr)
Klasse: Mammalia (Pattedyr)
Orden: Monotremata (Kloakkdyr)
Familie: Ornithorhynchidae
Slekt: Ornithorhynchus
Art: Ornithorhynchus anatinus
Dermed er nebbdyret et kloakkdyr. Kloakkdyr er en unik gruppe pattedyr som legger egg, i motsetning til de fleste andre pattedyr som føder levende unger.