Flaggermus lever mange steder over hele verden, inkludert huler, hull i trær, fjellrevner, gamle gruver, tunneler, bruer, og iboen bygninger. Noen arter foretrekker varme rovsteder som huler eller varme lofter, mens andre velger kjøligere skjul som topper av dode hull trær. Rovstedet og plasseringen kan endre seg gjennom året på grunn av parningsstrategier, vær og mattilgjengelighet.