Habitattap
Skogødeleggelse for jordbruk, hogst og menneskelige bosetninger reduserer rov- og mateområder.
Jakt og forfølgelse
Frykt, overtro og bruk i tradisjonell medisin fører til jakt.
Konkurranse med andre flaggermusarter
Delte rover og matkilder skaper interspesifikk konkurranse.
Plantevernmidler og kjemikalier
Inntak av insekter forurenset med kjemiske insektmidler skader vampyrflaggermus.
Sykdom
Vampyrflaggermus er utsatt for sykdommer som hundegalsk og kan overføre sykdom gjennom kontakt med husdyr.