Habitattap
Disse flaggermusene er avhengige av huler og fjellkrevasser for giter og overvintring. Menneskelige aktiviteter som gruvedrift, hogst og urbanisering forstyrrer eller ødelegger ofte disse kritiske habitatene.
Pesticider og gifter
Kjemikalier fra landbruk og skadedyrbekjempelse kan akkumuleres i flaggermusenes kropp, og forårsake reproduktive problemer, misdannelser og død.
Sykdom
Hvitnosesyken, en dødelig soppsykdom, har drept millioner flaggermus i Nord-Amerika. Selv om den ikke ennå er oppdaget hos Townsend's storøret flaggermus, forblir det en alvorlig trussel.
Jakt og sampling
Flaggermus blir noen ganger jaktet for pels eller samlet som kuriositeter, noe som kan ødelegge lokale bestander.
Klimaendringer
Skiftende klima kan forstyrre overvintring, redusere egne giter, og endre utbredelsen av insektbytte.
Å beskytte gjenværende habitater, redusere pesticidbruk, og forhindre spredning av sykdom er essensielle steg for å hjelpe denne arten å overleve.