Det er vanskelig å nevne en enkelt «mest truet» flaggermus fordi risikonivå varierer etter kriterier og region. Likevel er flere arter kritisk truet og står overfor en ekstremt høy risiko for utrotning.
Kritisk truede flaggermus
Mariana-fruktflaggermus: Endemisk for Marianene, truet av habitattap og jakt.
Rodrigues-fruktflaggermus: Hjemmehørende på Rodrigues-øy, alvorlig påvirket av habitatforringelse og innførte rovdyr.
Humleflaggermus (Kittis griseneseflaggermus): En av verdens minste pattedyr, funnet i Myanmar og Thailand, truet av habitattap og menneskelig forstyrrelse.
Mange andre flaggermus-arter står overfor press fra habitatforringelse, klimaendringer og sykdom. Vernsats er avgjørende for å beskytte flaggermus og de essensielle økologiske rollene de spiller, som pollinering og insektkontroll.