Den filippinske ørnen, som alle andre fugler, har lunger som sine puste-/respirasjonsorganer. Deres respirasjonsprosess innebærer utveksling av oksygen og karbondioksid mellom den oksygenrike atmosfæriske luften og ørnens blodstrøm. Fuglers respirasjonssystemer er svært effektive og tilpasset deres aktive, høyenere livsstil og kravene til flyving.