Likt mennesker har ørner et respirasjonssystem som tillater dem å puste luft. Luften går inn gjennom neseborene på nebben, passerer nesegangene, og beveger seg inn i strupen.
Hos fugler grenner strupen seg til primære bronkier og passerer syrinx, hvor lyder produseres. Luften går deretter inn i lungene, som er relativt små og plassert mot baken av kroppen.
Ørner har også luftsekker, unike for fugler, som opprettholder luftstrøm under flyvning. Gassutveksling skjer i lungene, der oksygen går inn i blodbanen og karbondioksid utskilles. Fugler bruker en ensrettet luftstrømssystem drevet av bryst- og bruskbenmuskler snarere enn et midtbryst.