Afrikanske vannliljer blir spist av en rekke organismer inkludert flodhester, manater, vannbuffel, elefanter, fisk, og et antall amfibi- og reptilarter. Insekter som vannbiller og snutebiller kan også spise visse deler av planten. Ikke minst spiser fiskearter som tilapia og afrikansk lungfisk aktivt på vannliljer og spiller en viktig rolle i bestandskontroll. Til slutt kan noen fuglearter som ender spise frøene og andre plantepartier.