Pelikaner står overfor flere naturlige rovdyre, spesielt når de er unge eller sårbare. Voksne pelikaner trues hovedsakelig av store reptiler som alligatorer og krokodiller, samt kraftige rovfugler inkludert ørner, høker og uler.
Egg og unger er i enda større fare, med slanger, prairieulver (coyotes) og vaskebjørner (raccoons) kjent for å rovdråte dem. Disse rovdyrene former pelikaners atferd og reirstrategier i vill mark.