Symbiose: Noen flaggermusarter har utviklet seg til å roost i reirene i ugler, og utnyttet uglens beskyttelse mot rovdyr. Til gjengjeld kan flaggermusene bidra til å holde ugens reir fri for insekter og parasitter. Et slikt symbiotisk forhold kan være gunstig for begge involverte parter.
Sykdomsoverføring: Flaggermus kan fungere som reservoarer for forskjellige patogener som kan forårsake sykdom hos mennesker og dyr. Ugler som bytter på flaggermus kan bli smittet med disse sykdommene og potensielt overføre dem til andre dyr eller til og med til mennesker. For eksempel kan overføring av rabies oppstå gjennom bitt av infiserte flaggermus eller ugler.
Konkurranse om ressurser: Ugler og flaggermus er begge rovdyr som opptar lignende økologiske nisjer i det nattlige økosystemet. Som sådan kan de konkurrere om matressurser, for eksempel insekter og små virveldyr. Denne konkurransen kan påvirke deres befolkningsdynamikk og økologiske roller i miljøet.