Rovdyer og bytte
Ugler er nattaktige jegere som ofte roveter flaggermus. Mange ugler har utmerket hørelse og syn for å oppdage og fange flaggermus i flyving. Lærugler har for eksempel spesialiserte tilpasninger for å jakte flaggermus.
Symbiose
Noen flaggermus gjemmer seg i uglerier, og får beskyttelse mot rovdyer. Til gjengjeld kan flaggermus holde reiret fritt for insekter og parasitter.
Sykdomsoverføring
Flaggermus kan bære patogener som infiserer ugler, som deretter kan overføre sykdommer til andre dyr eller mennesker, som veslefeber.
Konkurranse om ressurser
Ugler og flaggermus okkuperer begge nattaktige rovdyrenisjer og kan konkurrere om insekter og små ryggdyr.