Hos fugler bestemmes kjønn av ZW-kjønnskromosom-systemet, som er motsatt av XY-kjønnskromosom-systemet som finnes hos pattedyr, inkludert mennesker. I dette systemet er hunn det heterogametiske kjønnet (ZW) og hann det homogametiske kjønnet (ZZ). Det betyr at hunn har to ulike kjønnskromosomer (Z og W), mens hann har to kopier av samme kjønnskromosom (Z).
Z-kromosomet inneholder gener for både mannlige og kvinnlige egenskaper, mens W-kromosomet er mindre og inneholder bare noen få gener, inkludert genet som bestemmer kjønn. Fugle-kjønnet bestemmes ved befruktning. Hvis egget befruktes av en spermie som bærer et Z-kromosom, vil avkommet bli hann. Hvis egget befruktes av en spermie som bærer et W-kromosom, vil avkommet bli hunn.
*Dette kjønnsbestemmelsessystemet ligner på det som finnes hos noen andre reptiler og insekter.*
Generelt har hannfugler to kopier av Z-kromosomet, mens hunnfugler har én kopi av Z-kromosomet og én kopi av W-kromosomet.
Kjønnskromosomene inneholder også gener for andre egenskaper, som fjærfarge og kroppsstørrelse. Det betyr at kjønnet til en fugl også kan påvirkes av gener på kjønnskromosomene.
I noen sjelne tilfeller kan fugler ha atypiske kjønnskromosom-oppstillinger, som ZZ-hunner eller ZW-hanner. Disse fuglene er vanligvis sterille og kan ikke produsere avkom.