Aye-ayer kan være monogame og parre seg for livet, selv om enkelte individer praktiserer polygami. Hannar tiltrekker hunnar gjennom luktmerking og vokaliseringer. Etter en svangerskapsperiode på ca. 170 dager føder hunnen et eneste avkom. Babyen fødes med fullt pelsdekk og åpne øyne. Mora bærer ungen på armene i ca. 14 til 16 uker, og ungen ammes i seks til åtte måneder. Aye-ayer når seksuell modenhet ved ca. to år og kan leve opptil 25 år i fangenskap.