Hann- og hunn stokkugler ser veldig like ut, men noen subtile forskjeller kan hjelpe med å skille dem.
- Størrelse: Hanner er typisk større, i snitt 45–50 cm lengde, mens hunner i snitt 40–45 cm.
- Vekt: Hanner veier ca. 550–730 g; hunner i snitt 450–640 g.
- Hodeform: Hanner har tendens til rundere hoder, mens hunner har mer spisse hoder.
- Øyne: Hanner har vanligvis mørkere brune øyne; hunner har ofte lysere brune eller amberøyne.
- Stemme: Hanner har dypere, mer resonnante rop; hunner har høyere, mer pirrende stemmer.
Atferdsmessig er hanner generelt mer territoriale og forsvarer sitt område mot andre hanner. Hunner er mer geneig til å vandre for å finne mat og reirplasser.