Kentucky beheimater minst 17 dokumenterte flaggermusarter, inkludert:
- Østlig rød flaggermus (Lasiurus borealis) – rødbrun, vanlig i hele staten
- Grå flaggermus (Lasiurus cinereus) – største flaggermusen i Kentucky, med lysebrun eller grå pels
- Sølvharet flaggermus (Lasionycteris noctivagans) – mørk pels med sølvspisser, funnet i skogområder
- Østlig pygmyflaggermus (Perimyotis subflavus) – en av de minste flaggermusene i Kentucky
- Stor brun flaggermus (Eptesicus fuscus) – vanlig i hele staten
- Liten brun flaggermus (Myotis lucifugus) – en av de mest talrige art
- Nordlig langøret flaggermus (Myotis septentrionalis) – funnet i skogområder, med lange ører
Andre mulige arter inkluderer Rafinesques storøret flaggermus, kveldsflaggermus, Seminole-flaggermus og tri-farget flaggermus.