Fiskesjøørner er rovfugler kjent for sine store re. Disse reene bygges typisk i høye trær, men kan også finnes på klipper, kunstige konstruksjoner eller til og med på bakken. Fiskesjøørns re er laget av en rekke materialer, inkludert grener, kvister, bark, blader, mose, og til og med menneskeskapte materialer som tau og tråd. Reet er typisk utkledd med mykere materialer som fjær, gress og blader.
Størrelsen på en fiskesjøørns rede kan variere betraktelig, men de er typisk rundt 60–90 cm i diameter og 30–60 cm dypt. Reet bygges av både hann og hunn fiskesjøørn, og det kan ta flere uker å fullføre. Når reet er bygget, legger hunn fiskesjøørn eggene sine, som typisk er hvite med brune flekker. Eggene rukkes i ca. 35 dager, og ungene klekker og flyr fra reet etter ca. 60 dager.
Fiskesjøørns re brukes typisk av samme par fiskesjøørn år etter år. Hvis reet er skadet eller ødelagt, vil fiskesjøørnene bygge et nytt.