Havørner er kjøttetende fugler som primært nører seg av fisk. Med skarpt syn oppdager de bytt fra store høyder og fanger fisk ved å dykke og bruke skarpe klor. Vanlig bytt inkluderer laks, ørret, abbor og karpe.
I tillegg til fisk spiser havørner vannfugl, små pattedyr og aas. Annen kjent bytt inkluderer kaniner, ekorn, vaskebjørn, sjøfugler, og til og til elgkalver. De er opportunistiske rovfugler og tar hva som er tilgjengelig, noen ganger ved å reise lange avstander for laksløp.
Kostholdet varierer med lokasjon og sesong. Om vinteren, når fisk er mer sjeldent, kan havørner stole mer på aas og små pattedyr.