Habitattap: Hovedårsaken til biekolibrens truede status er tapet av dens naturlige livsmiljø. Biekolibrien beheims skygskoger, som er svært truet av avskoging for jordbruk, hogst og menneskelige bosetninger.
Klimaendringer: Klimaendringer er en annen betydelig faktor som bidrar til biekolibrens truede status. De stigende globale temperaturene og endrede værforhold påvirker skygskog-økosystemet, og endrer kolibrens livsmiljø og matkilder.
Overutnyttelse for kjæledyrhandel: I fortiden ble biekolibrien fanget og solgt i kjæledyrhandelen. Selv om denne praksisen har minsket betraktelig, utgjør den fortsatt en trussel mot ville populasjoner.
På grunn av disse faktorene har biekolibripopulasjonen opplevet et raskt nedgang, noe som har ført til klassifisering som en truet art. Bevaringstiltak, som livsmiljøvern og reskoging, er avgjørende for biekolibrens overlevelse og bevaring av dens unike livsmiljø.