Harpyørns ansikt er slående og imponerende. Den har penetrerende gule øyne og en mektig, hakket svart nebb. Voksen rundt nosen er lys gul, og huden rundt øynene er dyp svart. Lange svarte fjær strekker seg ned langs sidene av hodet og halsen.
Fuglen har også en fremtredende kam på toppen av hodet som den kan heve eller senke. Samlet sett speiler ansiktet harpyørns status som en av verdens mektigste rovfugler.