Man kan ikke pålitelig bestemme kjønn på havørner basert på fysiske egenskaper med mindre man sammenligner to individer side om side, da hunner har en tendens til å være noe større enn hanner. Voksne hanner og hunner har lik størrelse, fargelegging, tegning og vokaliseringer.
En nøyaktig metode er genetisk testing eller molekylær kjønnsbestemmelse, som analyserer fuglens DNA for å identifisere markører som skiller hanner fra hunner.