Imidlertid er det noen få dyr som kan utgjøre en trussel for skallet ørn, spesielt for unge ørn eller de som er skadet eller svekket:
* Større pattedyr: Bjørner, ulver og store katter som cougars kan potensielt bytte på unge eller sårbare ørn.
* Andre raptors: Golden Eagles er den eneste kjente raptoren som regelmessig byttet på skallet ørn.
* mennesker: Selv om det ikke er et naturlig rovdyr, har menneskelige aktiviteter som tap av habitat, forurensning og jakt (tidligere) påvirket skallet ørnebestander negativt.
Det er viktig å merke seg at disse interaksjonene er relativt sjeldne, og at skallet ørn generelt ikke anses å være byttedyr. Det er mer sannsynlig at de er rovdyret selv, med en diett som består av fisk, små pattedyr og andre fugler.