Havørner står på toppen av næringkjeden og har veldig få naturlige fiender i villlivet. Det er fordi de er store, kraftige rovfugler med skarpe klor og nebb.
Likevel finnes det noen dyr som kan utgjøre en trussel mot havørner, spesielt mot unge ørner eller de som er skadet eller forsvakket:
- Store pattedyr: Bjørner, ulver, og store katter som puma kan potensielt predate på unge eller sårbare ørner.
- Andre rovfugler: Kongeørn er den eneste kjente rovfuglen som jevnlig predaterer på havørner.
- Mennesker: Selv om ikke en naturlig rovdyre, har menneskelige aktiviteter som habitatstap, forurensning, og jakt (i fortiden) negativt påvirket havørnbestander.
Det er viktig å merke seg at disse interaksjonene er relativt sjeldne, og havørner anses generelt ikke som byttedyr. De er mer sannsynlig å være rovdyret selv, med en kost bestående av fisk, små pattedyr, og andre fugler.