Generelt viser frukt flaggermus polygyny, der menn parer seg med flere kvinner. Kvinner føder en enkelt valp etter en svangerskapsperiode som vanligvis varer flere måneder. Valper blir født med lukkede øyne og er avhengige av moren sin for mat og omsorg. De lærer å fly og fôre på egen hånd i løpet av noen måneder og når seksuell modenhet rundt ett år.
Noen fruktbat-arter, som den halmfargede fruktbat (Eidolon Helvum), viser synkronisert avl, der et stort antall individer føder samtidig. Dette antas å være en tilpasning for å redusere risikoen for predasjon på gravide kvinner og unge unger.