Paringssesongen for fruktflaggermus varierer avhengig av art og geografisk beliggenhet. Til dømes, i India, parrer den indiske flyvende reven frå mars til mai, mens den større kortsnutne fruktflaggermusen parrer frå august til november.
I det store heile viser fruktflaggermus polygyni, der hannar parrer seg med fleire hunnar. Hunnar føder typisk ein enkelt unge etter ein gestasjonsperiode som varer fleire månader. Nyfødte unger er født med augo lukka og er heilt avhengige av mora for mat og pleie. Innan nokre månader lærer dei å fly og søkje mat uavhengig, og når kønsmodenhet rundt eitt års alder.
Noen artar, som jordbærfargede fruktflaggermus, viser synkronisert avl, der store tal hunnar føder samtidig. Dette tru å vere ein tilpasning som reduserer risikoen for rovjakt på gravide hunnar og unge unger.