Shetlandsschaferhund er generelt sunn, men utsatt for visse arvelige tilstander, inkludert Collie Eye Anomaly, Progressiv Retinal Atrofi, hofte- og albueleddysplasi, IVDD, epilepsi og hypotyreose.
Andre bekymringer inkluderer allergier, hudproblemer, overvekt og tannproblemer. Regelmessige veterinærkontroller, ansvarlig oppdrett og forebyggende pleie er essensielt for et langt, sunt liv.