- Kongelige pingviner :MacQuarie Island er hjemmet til verdens største bestand av kongelige pingviner, med over 1 million hekkende par. Disse pingvinene kan sees på øyas mange strender og steinete kyster.
- Kongepingviner :Kongepingviner finnes også på MacQuarie Island, men i mye mindre antall enn kongepingviner. De kan finnes i kolonier på øyas nordlige ende.
-Gentoo-pingviner :Gentoo-pingviner er den minste av de tre pingvinartene som finnes på MacQuarie Island. De kan sees på øyas strender og steinete kyster, men de er mindre vanlige enn konge- og kongepingviner.
-Keiserpingviner :Selv om keiserpingviner hovedsakelig finnes i Antarktis, hekker en liten bestand på Macquarie Island. De er den største av pingvinartene, og de kan sees på øyas isflak i vintermånedene.
I tillegg til de innfødte artene, er det også flere introduserte arter på MacQuarie Island, for eksempel:
-Kaniner :Kaniner ble introdusert til øya på 1700-tallet av sel- og hvalfangere. De har siden blitt et skadedyr, ettersom de konkurrerer med innfødt dyreliv om mat og habitat.
-Katter :Katter ble også introdusert til øya av sel- og hvalfangere. De har også blitt et skadedyr, ettersom de forgriper seg på innfødt dyreliv.
-Mus :Mus ble introdusert til øya ved et uhell på skip. De har siden blitt et skadedyr, ettersom de konkurrerer med innfødt dyreliv om mat og habitat.
-Rotter :Rotter ble introdusert til øya ved et uhell på skip. De har siden blitt et skadedyr, ettersom de konkurrerer med innfødt dyreliv om mat og habitat.
De introduserte artene på MacQuarie Island utgjør en betydelig trussel mot øyas innfødte dyreliv. Regjeringen jobber for å kontrollere disse bestandene og beskytte øyas unike økosystem.