Puerto Rico beheimeter et bredt spekter av dyr:
- Pattedyr: Vestindisk lamantin, jamaicansk fruktflaggermus, risrottus, husmus, brunrottus, opossum, mangust.
- Fugler: Puerto Ricopapegøye, tody, vireo, sanger, finsk, kolibri, pelikan.
- Reptiler og amfibier: Puerto Rico-kammetanole, Mona-øyenboa, iguanaer, geckoer, kameler, skink, boakonstriktorer, coqui-frosker, gull-coqui, rørfrosker, sjøfrosker.
- Ryggstrengsløse: Taranteller, skorpioner, tusenlegg, tusenfot, krabber, reker, hummer, blekksprut, oktopus.