Præriehunder står overfor flere trusler som har ledet til bestandsnedgang:
- Habitattap: Kolonier er redusert av jordbruk, urban utvikling og jordbruksendringer.
- Pestmidler: Gnaverkontroll-kjemikalier kan forgifte præriehunder.
- Sykdommer: Sylvatic pest, tularemi og hundepest kan spre seg gjennom kolonier.
- Jakt: Noen områder tillater jakt for sport eller beskyttelse av husdyr.
- Rovdyr: Kojot, ulv, rev og rovfugler jakter præriehunder.
Flere præriehundearter er listet som truede eller utruede under Endangered Species Act. Vernearbeid er i gang for å beskytte deres habitater og håndtere trusler.