Pantanal er hjemsted for et mangfoldig utvalg av fugler, inkludert:
* Hyacinth ara
* Scarlet ara
* Stor egret
* Jabiru stork
* Roseate skjestork
* Grønnvinget ara
* Toco-tukan
* Brasiliansk merganser
* Kam and
Pattedyr
Mange forskjellige pattedyr kan bli funnet i Pantanal, for eksempel:
* Kjempe beltedyr
* Maned ulv
* Chacoan peccary
* Pampashjort
* Jaguar
* Ocelot
* Nordlig tigerkatt
* Myrhjort
* Capybara
Reptiler og amfibier
En rekke reptiler og amfibier bor også i Pantanal, inkludert:
* Grønn anakonda
* Svart kaiman
* Yacare kaiman
* Brillekaiman
* Brasiliansk kjempeskilpadde
* Rødbeint skilpadde
* Vanlig snappskilpadde
* Gylden giftfrosk
* Rødøyd trefrosk
Fisk
Pantanal er hjemsted for over 260 fiskearter, inkludert:
* Rødbuget piraja
* Svart piraja
* Payara
* Arapaima
* Tambaqui
* Pacu
* Steinbit
* Karakterer
* Ciklider