En flaggermus sin kostvarierer sterkt avhengig av art, men de fleste arter spiser flere ganger om dagen. For eksempel kan den vanlige vampyrflaggermusen spise bare en gang hvert par dager, mens den store brune flaggermusen kan spise opp til tre ganger om natten. I snitt spiser de fleste flaggermusarter omtrent 10 % av sin kroppsvekt i mat hver dag. Det betyr at en 10-gram flaggermus ville spise ca. 1 gram mat daglig.