Avgjørelsen om å sterilisere eller kastrere husdyret er personlig og krever en nøye vurdering av hvert enkelt dyr. Temaet er omstridt fordi forskningen på langtidseffekter er ufullstendig og delvis motstridende. Selve operasjonen medfører få risikoer, men de langsiktige helseeffektene er ikke fullt forstått og varierer etter kjønn, alder ved operasjon og rase. Effektene er både positive og negative, men alle stammer fra avbruddet i kjønns-hormonproduksjonen.
Reproduktiv helse
Ved sterilisering eller kastrering fjernes reproduktive organer som testikler, eggstokker og livmor, noe som fullstendig eliminerer risikoen for kreft i disse organene. Risikoen for testikkelkreft hos hunder er moderat i alle raser, men effektive behandlingsalternativer gjør at det sjeldent er dødelig. Motsatt påstår University of Minnesota Veterinary Medical Center at brystkreft er den vanligste kreftformen hos tikker, og sterilisering eliminerer denne risikoen. Rasene boxer og dachshund er forutsette for brystkreft.
Ifølge National Animal Interest Alliance finnes ingen konklusiv studie som knytter prostatakreft til testosteronproduksjon hos hanner. University of Minnesota og mange veterinærer hevder at kastrering reduserer risikoen for prostatakreft ved å krympe kjertelen og dermed forhindre infeksjon, men videre studier er nødvendige for konklusivt bevis. Ifølge National Animal Interest Alliance er prostatakreft uvanlig hos både ukastrerte og kastrerte dyr, så kastrering for å beskytte prostatahelsen er upraktisk. Bouvier er den eneste rasen som er anerkjent for å ha en genetisk forutsetning for prostatakreft.
Osteosarkom (beinkreft)
National Animal Interest Alliance estimerer at omtrent halvparten av alle hunder som sterilisere eller kastreres vil utvikle osteosarkom (beinkreft), en sykdom som ofte er dødelig. Normale nivåer av kjønnshormoner hos hunder og katter oppretholder beinhelsen, og reduksjon i disse hormonnivåene kan forårsake nedgang i beinhelsen. Visse raser, som rottweiler, har økt risiko for å utvikle sykdommen. Risikoen øker med høyde, så alle store hunder er i høyere risikosone. Risikoen øker ytterligere hvis operasjonen skjedde før 1 års alder. Sterilisering og kastrering av raser som er forutsette for osteosarkom øker risikoen for at husdyret utvikler denne forferdelige sykdommen. Ukastrerte dyr utvikler sjeldent osteosarkom.
Hypotyreose
Etter sterilisering eller kastrering er dyrene i økt risiko for hypotyreose. Hypotyreose refererer til en svekket skjoldbruskaktivitet og fører til svekket metabolisme, fedme og hårfald. Fedme hos dyr medfører noen av de samme risikoene som hos mennesker, og er knyttet til høyere rater av diabetes og kreft.
Urininkontinens
Sterilisert tikker lider ofte av urininkontinens forårsaket av at urinrør-muskulaturen ikke klarer å kontrahere seg riktig. Hos noen dyr er effekten umiddelbar, mens hos andre kan det ta måneder eller år før det manifesterer seg. Ukastrerte tikker lider sjeldent av inkontinens. Inkontinens, som vanligvis krever daglig medisinering, virker ikke å påvirke hanner.
Utover inkontinensproblemet er kastrerte hunnkatter mindre sannsynlige til å sprute urin enn sine ukastrerte motparter, fordi impulsen til å merke territoriet avtar med deres nivåer av kjønnshormoner.