Det er to hovedtyper av biologiske mikroskoper:sammensatte mikroskoper og dissekerende mikroskoper. Sammensatte mikroskoper bruker to linser, en objektivlinse og en okularlinse, for å forstørre bildet av objektet. Objektivlinsen er plassert i bunnen av mikroskopet og fokuserer lyset på prøven. Okularlinsen er plassert på toppen av mikroskopet og forstørrer bildet som produseres av objektivlinsen. Dissekerende mikroskoper har bare én linse, objektivlinsen, og brukes til å se større prøver som ikke krever så mye forstørrelse.
Biologiske mikroskoper kan utstyres med en rekke tilbehør, som lyskilder, filtre og scener. Lyskilder gir belysningen for prøven. Filtre kan brukes til å endre fargen eller intensiteten på lyset. Stadier brukes til å holde prøven på plass.
Biologiske mikroskoper er viktige verktøy for å studere den mikroskopiske verden. De lar forskere observere og analysere celler, vev og mikroorganismer i detalj.