Mens brune øyne er den vanligste øyenfargen for tyske hyrder, kan de også ha:
* Amber Eyes: En varm, rødbrun farge.
* blå øyne: Mindre vanlig, men mulig.
* heterokromi: Har to forskjellige fargede øyne. Dette er sjelden, men kan forekomme i tyske hyrder.
Fargen på en tysk hyrdes øyne bestemmes av mengden melanin som er til stede i iris. Jo mer melanin, jo mørkere øyne.