Voksne gråhvaler har svært få naturlige fiender på grunn av sin store størrelse.
Spekkhogger er den mest betydningsfulle trusselen, spesielt mot kalver og ungdyr. Isbjørner kan angripe i grunne kystfarvann, og store haier utgjør sjeldent en trussel. Menneskelig aktivitet, inkludert redningsutstyr i fiskegarn, skipskollisjoner og forurensning, truer også gråhvaler.
Disse truslene er uvanlige og påvirker ikke bestandsstørrelsen vesentlig.