Raserter hunder kommer fra et mye mer begrenset genpool enn blandingshunder, krysningshunder eller tilfeldig avlede hunder. Raserter hunder blir vanligvis bare avlet med andre hunder av samme rase. Dette begrensede genpoolet kan forsterke mange uønskede egenskaper hos valpene, fordi sjansene for at begge foreldrene bærer muterte eller resessive gener er høye. Muterte og resessive gener tenderer å inneholde helseproblemer, selv om akkurat hvordan er ikke fullt kjent.
Helseproblemer på grunn av fysisk bygging
De mest åpenbare negative effektene er helseproblemer som direkte skyldes den overdrevene formen til en bestemt hunderase. For eksempel vokser Cavalier King Charles Spaniel ofte et hode som er for lite for hjernen sin. Mops, Pekineser, Boston Terrier og andre flatnose-, eller brakcefale-, hunder har pustevansker fordi nesene og luftveiene deres er for små til å puste ordentlig. Dachshunds og hunder med lange rygg og korte ben har ofte ryggproblemer på grunn av sine lange rygg.
Helseproblemer på grunn av genetikk
Mange sykdommer eller alvorlige medisinske tilstander utvikler seg ikke før en rasert valp kommer hjem. Disse sykdommene arves gjennom gener. Sykdommer og medisinske tilstander kjent for å inneholde en sterk genetisk komponent inkluderer epilepsi, progressiv retinal atrofi og hofleddysplasi. Noen av disse tilstandene er usvanlige men ikke dødelige, som blå Dobermann-syndrom eller fargemutant alopecia, hvor hunder med blå eller fargemutant farging som Dobermann Pinscher, Italiensk Greyhound av Irsk Setter taper håret. Noen hundavlere prøver å fjerne disse arvelige trekkene ved simpelthen å kastrere enhver hund med helseproblemer. For eksempel er det en nasjonal gruppe kalt Orthopedic Foundation for Animals som sertifiserer hunder som er frie for visse arvelige tilstander som hofleddysplasi.
Atferdsproblemer
Raserter hunder ble ofte avlet for å utføre en spesifikk funksjon, som å hyrde husdyr eller kjempe mot andre hunder. Disse trekkene har ikke blitt avlet bort over generasjonene. Hvis en hund ble avlet til å kjempe mot andre hunder, som ville enhver Bulldog-ras være, så kan de trenge overvåkning når de er rundt andre hunder. Hyrde- og jakthunder ble avlet til å være på gang hele dagen, så de trenger mye aktivitet eller de kan ha skalkaktige tendenser. Hyrdehunder i særlig grad vil samle mennesker eller barn på en bestemmende eller truende måte fordi det er det de er avlet til å gjøre.