HMS Beagle ble ikke kalt etter beagle-hunderasen. Opphavet til skipets navn er ikke helt klart, men flere forklaringer finnes:
- Navnet kan ståmme fra det foreldede oldengelske ordet "beagle", som betyr et lite skip eller skipssløp, brukt så tidlig som 14. århundre for lett bevæpnede rekognoserings- og forsyningsskip.
- Det kan ha vært inspirert av Beagle-kanalen, en smal farvann mellom Chile og Argentina, kalt av britiske utforskere i slutten av 1700-tallet.
- Noen historikere antyder at navnet ble påvirket av Beagle Harbour i Australia, kalt av britiske utforskere i 1838, kort tid før HMS Beagle utbrøt på sin berømte reise.