- Skipets navn kan være avledet fra det foreldede gamle engelske ordet "beagle", som betyr et lite skip eller et skipsbåt. Dette ordet ble brukt så tidlig som 1300 -tallet for å referere til et lite, lett væpnet skip som ble brukt til rekognosering og bære forsyninger.
- En annen mulig forklaring er at navnet ble inspirert av Beagle Channel, en smal vannvei som ligger mellom Chile og Argentina. Kanalen ble navngitt av britiske oppdagelsesreisende på slutten av 1700 -tallet, og det er mulig at navnet på HMS Beagle ble valgt med henvisning til dette geografiske trekket.
- Noen historikere antyder også at navnet på HMS Beagle kan ha blitt påvirket av Beagle Harbor i Australia. Havnen ligger i det nordlige territoriet og ble utnevnt av britiske oppdagelsesreisende i 1838, kort tid før HMS Beagle tok fatt på den berømte seilasen.