Gjennom århundrer har folk i Mexico med vilje avlet mindre og mindre hunder, med fokus på ønskede egenskaper som deres lille størrelse og særegne hodeform. Denne prosessen med nøye valg av hvilke hunder som reproduserer har resultert i Chihuahua vi kjenner i dag.
Det er viktig å merke seg at den eksakte opprinnelsen til Chihuahua fremdeles diskuteres, med noen teorier som antyder at de er avstammet fra Techichi, en gammel meksikansk hunderas.