Muskratter har flere naturlige fiender:
- Koyoter: Jakter og dreper muskrat for mat.
- Rever: En annen rovfugl som rov muskrat.
- Ugler: Nattaktige rovfugler som jakter muskrat om natten.
- Slanger: Arter som vatnuggler og cottonmouths kan rov muskrat.
- Alligatorer: Finnes i mange av de samme habitatene og rov muskrat.
- Mennesker: Jakter muskrat for pels og kjøtt.