Garanterer selektiv avl at alle avkom vil være overlegen kvalitet?

Selektiv avl garanterer ikke at alle avkom vil være overlegen kvalitet. Selv om selektiv avl kan øke sannsynligheten for å oppnå avkom med ønskede egenskaper, eliminerer det ikke påvirkningen av genetisk variasjon og andre faktorer som kan påvirke individets fenotype. Noen avkom kan arve mindre ønskelige egenskaper eller kan påvirkes av miljøfaktorer som begrenser deres uttrykk for ønskede egenskaper. I tillegg er selektiv avl begrenset av at det genetiske mangfoldet som er tilgjengelig i befolkningen som blir avlet.