Dverg-pygmegrunngresser er kjøttetende fisk hvis kost hovedsakelig består av små vannlevende dyr. Deres primære fødekilder inkluderer copepoder, amfipoder og andre små krepsdyr.
De spiser også insekttarver, mariner og veldig små fisk. Av og til kan de forbruke alger eller andre plantestoffer, men dyrebytte utgjør det meste av kosten deres.