Jaguarer avtar på grunn av ulovlig jakt for pels og kroppsdelar, som er verdifulle på svartemarked. Habitattap og fragmentering fra skogavverk, jordbruk, infrastruktur og byvekst reduserer rommet jaguarer trenger for å streife og forstyrrer parring og matletting.
Menneske-villmark-konflikt spiller også en rolle, da jaguarer som rovør husdyr kan bli drept av bønder og rancheres. Klimaendringer endrer levesteder og byttetilgjengelighet, mens relativt lav genetisk mangfold gjør jaguarer mer sårbare for sykdommer og miljøendringer.