Habitattap og fragmentering
Den primære årsaken til vaktelkongens nedgang er habitattap og fragmentering. Vaktelkonge foretrekker tette enger med høy vegetasjon og høy fuktighet, men disse habitatene forsvinner på grunn av jordbruksintensivering og urbanisering.
Plantevernmidler
Plantevernmidler kan drepe vaktelkonge direkte eller skade deres reproduktive organer. Ukrudtsvernmidler reduserer vegetasjonen tilgjengelig for reir og føde.
Rovdyr
Rovdyr som rever, hermeler og katter predaterer vaktelkonge. Unger er sårbare fordi de ikke kan fly under sine første uker.
Klimaendringer
Varmere, tørrere klima gjør vaktelkongens foretrukne habitat mindre vanlig. Klimaendringer endrer også trekkemønstre, og forstyrrer hekke sykluser.